Pertumbuhan mikroba pada pangan juga dipengaruhi oleh adanya bahan pengawet yang terkandung di dalamnya, yaitu senyawa yang dapat menghambat pertumbuhan mikroba. Bahan pengawet atau disebut juga senyawa antimikroba pada pangan dibedakan atas tiga golongan berdasarkan sumbernya, yaitu:
a) Senyawa antimikroba yang terdapat secara alami di dalam bahan pangan, misalnya asam pada buah-buahan, dan beberapa senyawa pada rempah-rempah.
b) Bahan pengawet yang ditambahkan dengan sengaja ke dalam pangan atau pangan olahan, misalnya:
• Nitrit untuk menghambat bakteri pada kornet sapi dan sosis
• Garam natrium klorida untuk menghambat mikroba pada ikan asin
• Asam benzoat untuk menghambat kapang dan kamir pada selai dan sari buah
• Asam cuka (asam asetat) untuk menghambat mikroba pada asinan
• Asam propionat untuk menghambat kapang pada roti dan keju
• Sulfit untuk menghambat kapang dan kamir pada buah-buahan kering dan anggur.
• Senyawa antimikroba yang terbentuk oleh mikroba selama proses fermentasi pangan. Asam laktat, hidrogen peroksida (H202), dan bakteriosin adalah senyawa antimikroba yang dibentuk oleh bakteri asam laktat selama pembuatan produk¬produk susu fermentasi seperti yogurt, yakult, susu asidofilus, dan lain-lain, serta dalam pembuatan pikel dari sayur-sayuran seperti sayur asin.