Sanitasi dalam kegiatan biosecurity termasuk dalam tingkatan biosecuirti operasional. Sanitasi didefinisikan sebagai usaha pencegahan penyakit dengan cara menghilangkan atau mengatur faktor-faktor lingkungan yang berkaitan dalam rantai perpindahan penyakit tersebut. Penerapan dari prinsip-prinsip sanitasi adalah untuk memperbaiki, mempertahankan atau mengembalikan kesehatan yang baik pada ternak dan manusia. Prinsip sanitasi yaitu bersih secara fisik, bersih secara kimiawi (tidak mengandung bahan kimia yang membahayakan) dan bersih secara mikrobiologis.
Kontaminasi mikroorganisme dapat terjadi pada semua titik dalam proses produksi. Oleh karenanya sanitasi harus diterapkan pada semua proses produksi ternak dan penanganan pasca panen. Resiko terjadinya penyakit pada ternak dan juga manusia dipengaruhi oleh interaksi antara 3 komponen yaitu ternak, lingkungan dan mikroorganisme.
Sanitaiser harus mempunyai sifat sebagai berikut:
a. Merusak mikroorganisme,
b. Ketahanan terhadap lingkungan,
c. Sifat-sifat membersihkan yang baik,
d. Tidak beracun dan menyebabkan iritasi,
e. Larut dalam air,
f. Bau yang ditimbulkan dapat diterima,
g. Stabil dalam larutan pekat dan encer,
h. Mudah digunakan,
i. Banyak tersedia, murah dan mudah diukur dalam larutan yang telah digunakan.
Sanitasi diperlukan terutama untuk memenuhi standar manajemen yang telah ditentukan, untuk memenuhi peraturan perundangan berlaku serta standar produk perusahaan, dan untuk mengurangi resiko kerusakan bahan pangan dengan adanya kontaminasi mikroorganisme.
Beberapa hal yang harus diperhatikan dalam sanitasi adalah :
a. Ruang dan alat yang akan disanitasi,
b. Metode yang akan digunakan,
c. Bahan atau zat kimia serta aplikasinya,
d. Monitoring program sanitasi,
e. Harga bahan kimia yang akan digunakan,
f. Keterampilam pekerja
g. Sifat bahan atau produk dimana kegiatan tersebut akan dilakukan.
Jika dengan menggunakan pemanasan air diperkirakan sudah dapat mengatasi masalah maka penggunaan bahan kimia sebaiknya dihindarkan. Pemakaian bahan kimia hendaknya juga menggunaan bahan yang aman baik untuk pekerja, bahan makanan atau daging dan tidak menimbulkan residu yang berbahaya.
Desinfektan yang biasa digunakan untuk sanitaiser dikelompokkan dalam delapan grup yaitu:
a. Alkohol larut, Contoh: etanol, isopropil alkohol, Cara kerja: koagulasi protein dan melarutkan membran, Konsentrasi : 70 – 90%
b. Gas Sterilisasi, Contoh: etilen oksida, Cara Kerja: substitusi grup alkil di dalam sel dengan atom H yang labil.
c. Gas Desinfektan, Contoh: formaldehid, Konsentrasi: larutan jenuh atau dalam bentuk gas
d. Halogen, Contoh: khlorin, yodium, Cara kerja: oksidasi grup sulfhidril bebas, Konsentrasi: hipokhlorit (konsentrasi tertinggi)
e. Fenol, Contoh: kreosol. Fenol semi sintetis, lisol, Cara kerja: koagulasi protein, menyebabkan kebocoran membran sel, Konsentrasi : kreosol – 2%, Lisol – 1%
f. Deterjen Kationik, Cara kerja: pengerutan membran sel dan merusak permeabilitasnya, Konsentrasi : larutan 1/1000 – 1/5000
g. Deterjen anionik, Contoh: heksakhlorfen (G-11), tetrakhlorsalisilanilida, Konsentrasi: heksakhlorfen – septisol 2%, pHisoHex 3%
1) Alkali : larutan NaOH sering digunakan veteriner untuk mencuci dan untuk desinfeksi kandang
2) Hidrogen peroksida : dalam konsentrasi 3% digunakan untuk mencuci dan mendesinfeksi luka.
3) Sabun: aktifitas bakterisidalnya lemah tetapi efektif untuk mencuci atau menghilangkan jasad renik.
4) Komponen biguanida: misalnya khlorheksidin, bersifat bakterisidal, tetapi tidak efektif terhadap virus, spora, dan bakteri, biasanya dicampur dengan deterjen kationik.
h. Dialdehida, Spektrum aktifitasnya paling luas, yaitu bersifat bakterisidal, virusidal, fungisidal, dan sporasidal.